三圣宫的建筑布局独特之处主要体现在以下几个方面：
多元文化融合：三圣宫将儒、释、道三教合一，其建筑风格、布局、装饰都反映了这种多元文化融合的特点。这种融合在我国古代宗教建筑中较为罕见，体现了古代建筑工匠和设计师的智慧。
建筑规模宏大：例如海伦市三圣宫，共有十楼、一亭、八十一座殿，规模宏大，气势磅礴。这种大型的建筑群在东北三省的庙宇中较为罕见。
结构严谨，布局合理：以云南通海三圣宫为例，它分内外两院，由正门、左右厢房、中殿、左右配廊、正殿等组成，总面积不过3000多平方米，但布局严谨，层次分明。
精美的木雕和雕刻艺术：例如通海三圣宫中的木雕槅门，出自清末滇南木雕艺术家高应美之手，槅子门中的构图、布局、人物造型，刀法的巧运均达到了美轮美焕的境地。
装饰华丽，富有象征意义：如丽江束河龙泉寺（三圣宫），主殿的斗拱结构、额坊梁柱饰以各种鸟兽浮雕，殿内绘有明代壁画，都是佛教的内容，具有丰富的象征意义。
地理位置和建筑风格：一些三圣宫的建筑选址于自然景观中，如云南通海三圣宫，位于美丽的杨广镇小新村，依山傍水，环境幽雅；丽江束河龙泉寺则紧邻龙泉湖，具有浓郁的地方特色。
历史悠久的传统：如丽江束河龙泉寺（三圣宫），始建于明代，历经多次重建和修复，具有悠久的历史。
综上所述，三圣宫的建筑布局在融合多元文化、规模宏大、结构严谨、装饰华丽、富有象征意义、地理位置优越和历史悠久的传统等方面具有独特之处。