九寨沟两日游的最佳旅游路线如下：
第一天：
- 早上：从九寨沟沟口乘坐观光巴士前往原始森林，随后游览草海和天鹅海。
- 上午：继续游览箭竹海、熊猫海、熊猫海瀑布，然后前往五花海，这里是九寨沟的精华之一。
- 中午：在诺日朗游客中心用午餐，可以自带水和零食。
- 下午：游览珍珠滩、珍珠滩瀑布、镜海，之后前往诺日朗中心站。
- 傍晚：结束第一天的游览，返回酒店休息。
第二天：
- 早上：早餐后，再次前往九寨沟景区。
- 上午：游览长海、五彩池，这两个景点都非常壮观。
- 中午：在诺日朗游客中心用午餐。
- 下午：游览诺日朗瀑布、犀牛海、老虎海、树正瀑布、树正磨房、树正群海、树正民俗文化村。
- 傍晚：游览卧龙海、火花海、盆景滩，然后结束两日游，返回酒店或九寨沟沟口。
在游览过程中，建议您穿着舒适的鞋子，因为九寨沟的景点之间有较长的步行路程。同时，由于九寨沟地处高原，气候多变，请携带适合的衣物和雨具。此外，九寨沟内不允许私家车辆通行，需要乘坐景区内的环保车。在游览过程中，请尊重当地的风俗习惯，保护环境，不要在景区内乱扔垃圾。