根据提供的参考信息，关于上海中心大厦52层的朵云书院旗舰店的描述并没有直接提及图书分类的清晰度。不过，我们可以从以下信息中推断出一些情况：
空间布局：朵云书院旗舰店位于上海中心大厦的52层，拥有2200多平方米的空间。书店内部有巨大的山型书架，布局疏朗有致，有如水墨画一般，这种设计通常会考虑到空间的利用率和阅读体验。
功能区域：书店共分为七大功能区域，包括书籍展示、艺术展览、文化活动、休闲服务等。这种多功能的设计可能意味着图书分类与不同功能区域相结合，使得分类可能既清晰又多样化。
图书品种：书店拥有16000种图书，包括1100多种外文图书和100种中英文期刊。这样的图书种类丰富性可能需要清晰的分类来方便读者查找。
综合以上信息，虽然无法确切得知朵云书院52层书店的图书分类是否清晰，但可以推测以下几点：
- 分类清晰性：考虑到书店的规模和功能多样性，以及为了提供良好的阅读体验，图书分类很可能是清晰且系统的。
- 便利性：由于书店提供了多种功能区域，图书分类可能根据不同区域的需求进行优化，以便读者能够迅速找到所需的书籍。
- 设计考量：建筑师俞挺的设计理念可能会体现在图书分类上，使得分类既有逻辑性又美观。
因此，可以合理推断，上海中心52层的朵云书院旗舰店的图书分类应该是清晰且便于读者查找的。