根据提供的参考信息，虽然并没有直接提到上海东方明珠5D影院的观影厅是否干净，但可以提供一些关于影城观影体验的一般信息，以此来推断。
通常，一个管理良好的影城，包括上海东方明珠5D影院这样的知名影城，都会重视观影厅的卫生与清洁。以下是根据现有信息推断的一些可能性：
清洁管理：作为一家知名品牌，上海东方明珠5D影院很可能会有一套标准化的清洁管理制度，以确保所有放映厅的清洁。
翻新工程：提及的翻新工程通常包括对硬件设施和环境卫生的改善，这可能会提高观影厅的清洁度。
顾客体验：影城通常注重顾客体验，包括观影厅的清洁度，因为这直接关系到顾客的感受和满意度。
顾客评价：虽然没有直接的顾客评价，但可以推测，如果观影厅不够干净，可能会在网络上或者消费者中引起关注和反馈。
综上所述，尽管没有直接证据表明上海东方明珠5D影院的观影厅是否干净，但基于影城品牌形象、清洁管理和顾客体验等因素，可以合理推测其观影厅应该是干净整洁的。如果想要确认这一点，建议亲自前往体验或查阅顾客评价以获得更直接的信息。