上海东方明珠地下室内的上海城市历史发展陈列馆藏有丰富的文物和展品，以下是一些珍贵的藏品：
七宝寺藏五代金字写经：这是非常珍贵的佛教文物，以其书法艺术和宗教历史价值而著称。
明徐光启农书手稿：徐光启是明代著名的科学家、农学家，他的手稿对于研究中国古代农业科技具有重要价值。
1893年英美公共租界划界碑：这块碑是上海历史中的重要见证，反映了上海开埠后的城市规划和历史变迁。
出土文物、传世文物、近现代革命文物：这些文物包括古代的青铜器、陶瓷、书画等，以及近现代的革命文物和文献。
租界殖民主义遗物：这些遗物展示了上海在租界时期的殖民历史。
1000多件珍贵文物：这些文物通过“融物于景”的场景化展示手法，让参观者能够身临其境地感受历史。
100多尊真人蜡像：这些蜡像通过逼真的造型和生动的表情，展示了上海历史上的知名人物。
古代青铜器：如交龙纹鼎、交龙垂鳞纹鼎、晋侯钟等，这些青铜器在工艺和艺术上都有很高的价值。
“车马春秋”城厢风貌”、“开埠掠影”、“十里洋场”、“海上旧踪”、“建筑博览”等部分的展品：这些展品通过模型、道具和文物等，展示了上海在不同历史时期的风貌。
这些藏品共同构成了上海城市历史发展陈列馆的独特魅力，是了解上海历史的重要窗口。