从上海东方明珠塔到南京，您可以选择以下几种交通方式：
地铁和火车：
- 从东方明珠塔出发，可以乘坐地铁2号线至人民广场站换乘地铁1号线至上海火车站。
- 在上海火车站，乘坐前往南京的火车。根据火车的不同等级（如高铁、动车、普快等），旅行时间大约在1.5至3小时左右。
长途汽车：
- 从东方明珠塔出发，可以乘坐长途汽车前往南京。长途汽车站通常位于上海市区，如上海长途客运总站、上海汽车南站等。
- 汽车行程时间通常在3至4小时左右。
自驾车：
- 如果您选择自驾，可以通过上海绕城高速（G1501）或沪宁高速（G2）前往南京。
- 自驾全程大约需要3至4小时，具体时间取决于路况和驾驶速度。
出租车或网约车：
- 直接从东方明珠塔乘坐出租车或使用网约车服务前往南京，但这种方式相对费用较高。
- 行程时间与火车和长途汽车类似，大约需要3至4小时。
根据您的具体需求和预算，您可以选择最适合的交通方式。需要注意的是，无论选择哪种交通方式，都要提前查询最新时刻表和票价信息。