关于上海东方明珠塔发生的超自然现象，以下是对相关信息的综合解读：
闪电击中事件：根据报道，东方明珠塔在2022年4月13日确实遭受过雷击，造成顶部被烧焦。避雷针作为保护措施，理论上应能有效避免雷击事故。然而，避雷针在极端天气条件下也有可能被雷击中，这属于自然现象的一部分。
修真者渡劫事件：2019年12月27日，网络上流传了一段视频，显示一名黑衣男子在东方明珠塔旁悬浮，雷电击中他的场景。这一事件迅速引发热议。但经过调查，该事件被证明是人为炒作，而非真实事件。尽管如此，仍有一部分人对此持怀疑态度，认为修真者渡劫现象可能存在。
风水故事：一些网友将东方明珠塔、金茂大厦、环球金融中心、上海中心大厦等建筑与传说中的风水故事联系起来，认为它们之间存在某种神秘的联系。然而，这些说法缺乏科学依据，更多属于民间传说。
上海魔都的由来：复旦大学徐静波教授在2023年1月14日的节目中解读了上海“魔都”的由来。据他介绍，1923年，日本作家首次将上海的体验写成了《魔都》。这个称呼后来逐渐流行，成为上海的代名词。
综上所述，关于东方明珠塔的超自然现象，以下结论可以得出：
闪电击中事件属于自然现象，避雷针在极端天气条件下可能失效。
修真者渡劫事件被证实为炒作，但部分人仍对此现象持怀疑态度。
风水故事属于民间传说，缺乏科学依据。
上海“魔都”的由来与日本作家的作品有关，成为上海的代名词。