上海东方明珠塔顶端发射架变黑的原因，根据提供的参考信息，可以分析如下：
雷击事件：根据官方通报和目击者的描述，东方明珠塔顶端发射架在雷雨天气下发生了火灾。雷电是一种强大的自然现象，其电流足以损坏金属结构，导致火灾。由于东方明珠塔的高度和位置，它更容易受到雷击的影响。
天线外罩燃烧：火灾发生后，塔顶端的发射天线外罩被烧焦，呈现焦黑色。这表明火灾是由天线外罩的燃烧引起的，可能是由于雷击产生的热量和电流触发了燃烧过程。
设备损坏的可能性：虽然火灾未造成设备损坏，但雷击可能已经对塔顶端的发射天线和其他电子设备造成了损害。天线外罩的燃烧可能只是表面现象，实际损害可能更为严重。
天气条件：事发当晚，上海地区有零星小雨和雷电，这种天气条件增加了雷击的可能性。雷电天气对高层建筑，尤其是如东方明珠塔这样的高耸结构，构成了较大的安全风险。
官方回应：上海市官方初步调查认为，火灾是由强雷击引起的，天线外罩燃烧，但未造成设备损坏，广播电视播出正常。
综上所述，东方明珠塔顶端发射架变黑的原因主要是由于雷击导致的火灾，火灾造成了天线外罩的燃烧，尽管没有造成严重设备损坏，但这一事件提醒了高层建筑在雷电天气下的安全风险。为了防范类似事件的发生，北京市相关部门启动了全市集中防雷检测，重点关注超过45米的高层建筑。