根据提供的参考信息，马嘉祺在游玩上海东方明珠塔时，最深刻的印象主要集中在以下几个设施：
太空舱：马嘉祺特别喜欢太空舱，也被称为玻璃栈道。太空舱是360度全玻璃构造，站在上面往下看，给人一种脚抖的感觉，仿佛有吓死人的感觉。在259米的高空往下看，地面的汽车只有火柴盒那么大，人看起来像蚂蚁一样小。尽管高度很高，但听说这玻璃全是钢化玻璃，非常安全。
下球体和中球体：虽然下球体和中球体本身并没有特别提到有什么吸引马嘉祺的地方，但它们作为东方明珠塔的一部分，其作为通往更高处太空舱的必经之路，也给人留下了印象。
观光体验：马嘉祺在电梯中以每秒8米的速度到达各个球体，以及需要换电梯到达不同高度的经历，这些观光体验本身也给他留下了深刻的印象。
夜景：从高处的球体中可以俯瞰上海的夜景，霓虹灯闪烁，博物馆在光芒中显得璀璨，这些景象也为马嘉祺留下了深刻的印象。
内部设施：东方明珠塔内部有许多设施，包括纪念品店、望远镜等，虽然文中没有具体提及马嘉祺对哪些设施印象深刻，但可以推测，这些多样化的娱乐和购物体验也是给马嘉祺留下深刻印象的元素之一。
综上所述，马嘉祺对东方明珠塔的太空舱、观光体验、夜景以及丰富的内部设施留下了深刻印象。