上海东方明珠塔的透明电梯，也就是您提到的360度全透明三轨观光电梯，在设计上采用了先进的技术和材料，以确保游客在乘坐时的安全与舒适。关于电梯运行时是否会有晃动，以下是一些分析：
技术保障：该电梯采用了三轨设计，相比传统的双轨电梯，三轨设计可以提供更稳定的运行，减少晃动。三轨系统通过增加支撑点，使得电梯在运行过程中更加平稳。
安全标准：作为一项重要的旅游设施，东方明珠塔的透明电梯必须符合国家及行业的安全标准。在设计和安装过程中，会考虑到电梯的运行稳定性和安全性，因此，理论上晃动应该被控制在极小的范围内。
乘客体验：虽然电梯在正常运行时应该不会出现明显的晃动，但由于电梯在高速上升或下降时，乘客可能会感受到轻微的震动，这是由电梯运行速度和高度造成的正常现象。
实际运行情况：实际上，由于每个人的感受不同，部分乘客可能会感觉到轻微的晃动，但这通常不会影响乘坐体验。东方明珠塔的透明电梯在运行时，大多数乘客都能感受到平稳和舒适。
综上所述，虽然不能完全排除在极端情况下会有轻微晃动，但根据目前的技术和安全标准，上海东方明珠塔的透明电梯在正常运行时应该不会出现明显的晃动，能够为游客提供安全舒适的观光体验。