上海东方明珠塔的避雷系统虽然设计精良，但在维护过程中仍存在一些难点，以下是一些具体的挑战：
高空作业难度大：东方明珠塔是一座高约468米的电视塔，其避雷系统位于塔顶等高空位置，进行维护和检查时需要高空作业，这对工作人员的技术水平和安全措施提出了很高的要求。
结构复杂：东方明珠塔的避雷系统由避雷针、接闪带、引下线和接地装置等组成，结构复杂，维护时需要全面检查每一个环节，确保其性能良好。
环境因素影响：上海地区雷电活动频繁，尤其是在夏季雷雨季节，避雷系统承受的压力较大。同时，风吹、日晒、雨淋等自然因素也会对避雷系统造成损害，需要定期检查和清洁。
隐蔽性：部分避雷系统的部件安装在建筑物的隐蔽部位，如内部结构或地下，难以直接观察和维护。
避雷针的更换周期：避雷针等部件具有一定的使用寿命，需要按照规范定期更换。然而，更换避雷针需要高空作业，且更换成本较高。
接地电阻的检测：避雷系统接地电阻的检测是维护工作中的重要环节，但接地电阻的检测需要专业的设备和知识，对维护人员的要求较高。
避雷系统与其他系统的兼容性：东方明珠塔作为一个综合性的建筑，其避雷系统需要与其他系统（如通信系统、供电系统等）协调工作，确保整体的安全性能。
技术更新：随着科技的发展，避雷技术也在不断更新。维护人员需要不断学习和掌握新技术，以适应避雷系统维护的需求。
综上所述，上海东方明珠塔的避雷系统在维护过程中面临着高空作业、结构复杂、环境因素、隐蔽性、更换周期、接地电阻检测、兼容性和技术更新等多方面的挑战。