在南京夫子庙附近选择三天两夜的住宿，主要考虑以下因素：
地理位置：选择靠近夫子庙的酒店或民宿，便于游览夫子庙周边的景点，如秦淮河、老门东、总统府等。
交通便利性：选择靠近地铁站或公交站的住宿，便于出行。
酒店设施：考虑酒店或民宿的设施是否齐全，如游泳池、健身房、Wi-Fi等。
价格：根据自己的预算选择合适的住宿。
以下是几个推荐的住宿选择：
Zsmart智尚酒店（南京夫子庙喜马拉雅有声图书馆店）：位于夫子庙景区，靠近市中心新街口、水游城、水平方购物中心，步行可至地铁1号线三山街站、3号线夫子庙站。
古南都逸都酒店（南京夫子庙地铁站店）：地处夫子庙旅游胜地核心区，与中华老字号永和园酒楼约10米之遥，距离地铁1号线三山街站约500米。
宜必思酒店（南京夫子庙店）：位于南京白下区中华路，靠近新街口和夫子庙，地理位置优越，距夫子庙步行十分钟，距总统府步行三十分钟。
如家精选酒店（南京夫子庙白下路店）：位于南京市秦淮区白下路264号，紧邻商业圈新街口、著名旅游景点夫子庙，总统府，1912街吧等，地铁三号线常府街1号出口、夫子庙3号出口，步行10分钟即可到达酒店。
古南都建康饭店：地处夫子庙旅游景区的核心地带，周围环绕秦淮河、大成殿、明德堂、棂星门、江南贡院、王谢古居、乌衣巷等着名旅游景点，毗邻蜚声中外的秦淮风味小吃一条街，距地铁1号线（三山街站）、地铁3号线（夫子庙站）步行约5分钟。
南京曙光薇酒店（夫子庙店）：位于秦淮区来燕路1号，毗邻夫子庙景区。酒店交通便捷，地铁1号和3号线近在咫尺，距南京站、南京南站仅20分钟，南京禄口机场仅30分钟。
根据个人喜好和需求，选择合适的住宿。希望这些建议能帮助您在南京夫子庙附近度过愉快的旅行。