根据提供的参考信息，可以分析九寨沟两旅游大巴司机是否存在违规操作如下：
停车位置：2月5日，团队旅游包车行驶至弓杠岭附近时，游客王某要求停车，驾驶员出于安全考虑靠边停车。从信息来看，驾驶员的这一操作是符合规范的，因为驾驶员考虑到了安全因素，并没有随意停车。
停车时间：车辆在停车期间大约停留了25分钟。虽然停车时间相对较长，但具体是否违规需要根据《旅游法》和《导游人员管理条例》中关于停车时间和地点的规定来判断。如果停车时间超出了规定范围，则可能构成违规。
纠纷处理：车辆停驶期间，导游何某与游客王某因购物、离团等问题发生纠纷，全团游客均未下车。根据描述，驾驶员在纠纷争执过程中未予劝阻，对此进行了批评教育。从这个角度来看，驾驶员在处理纠纷方面可能存在一定的不足，没有及时有效地介入调解，但并未明确指出其行为违反了具体规定。
后续调查：相关部门在接到举报后进行了立案调查，并在调查中发现了成都中国旅行社有限公司青羊一分社与其所招徕游客签订的旅游合同未载明旅行社统一安排的购物次数、停留时间等，违反了《旅行社条例》相关规定。
综上所述，虽然司机的停车操作在表面上符合安全规范，但在停车时间和纠纷处理上可能存在不足。但具体是否违规，还需要根据相关法律法规的具体规定以及调查结果来判定。成都市文化广电旅游局表示，将严格旅游市场监管，严厉打击违法违规行为，这表明对于此类事件，将严格按照法律法规进行处理。