九寨沟两日游选择住宿时，可以考虑以下几个方面：
地理位置：
- 途中住宿：选择在成都周边城市或在前往九寨沟途中的住宿点，如松潘、茂县等地。这些地方交通便利，提供舒适的住宿，且距离九寨沟景区不会太远，便于第二天行程的连贯性。
- 景区内住宿：如果选择深度游，景区内住宿也是一个选择。但需注意，景区内住宿通常价格较高，且需提前预订。
住宿类型：
- 酒店：设施齐全，服务完善，但价格相对较高。选择时需考虑地理位置、周边环境、房间大小和干净程度，以及配套设施是否满足需求。
- 客栈：环境私密，价格实惠，但设施可能稍逊一筹。建议了解客栈的卫生状况和服务态度。
预算：
- 根据个人预算选择合适的住宿类型。跟团游一般会预订统一的住宿，但个人游时，可根据自己的预算选择。
交通：
- 考虑酒店或客栈的地理位置是否方便第二天前往景区，以及是否需要额外的交通成本。
其他因素：
- 餐饮：九寨沟物资多从外面运入，餐饮价格相对较高。可考虑住宿点附近的餐饮情况。
- 保暖：九寨沟景区内夜晚温度较低，注意保暖。
预订方式：
- 通过旅游网站、在线旅游平台、旅行社等预订住宿，预订前了解住宿点的位置、房型、价格、评价等信息。
注意事项：
- 九寨沟景区内住宿点较为分散，需提前规划好行程。
- 九寨沟景区内住宿条件较好的宾馆和旅馆通常提供早餐和晚餐，价格相对较贵，可选择在周边的农家乐或饭店就餐。
综上所述，选择九寨沟两日游的住宿时，需综合考虑地理位置、住宿类型、预算、交通、餐饮、保暖等因素，提前进行预订和规划，以确保旅途顺利。