九寨沟全域党建旅游发展在取得显著成就的同时，也面临着以下几方面的挑战：
生态保护与旅游开发的平衡问题：九寨沟作为重要的生态屏障和水源涵养地，拥有丰富的生物多样性。在发展旅游的过程中，如何平衡生态保护与旅游开发，防止过度开发和环境污染，是九寨沟全域旅游发展面临的一大挑战。
旅游产品单一化：虽然九寨沟拥有独特的自然风光，但旅游产品相对单一，主要以观光为主，缺乏深度体验和文化内涵。如何丰富旅游产品，满足游客多样化的需求，是九寨沟全域旅游发展需要解决的问题。
基础设施建设不足：尽管九寨沟县在基础设施建设上有所投入，但与游客快速增长的需求相比，仍存在不足。如交通拥堵、住宿紧张、旅游厕所不足等问题，这些都制约了九寨沟全域旅游的发展。
旅游人才短缺：随着全域旅游的发展，对旅游管理、导游、服务等方面的人才需求日益增加。然而，九寨沟县在旅游人才培养和引进方面还存在一定困难。
旅游市场管理难题：随着旅游市场的扩大，旅游市场管理难度也在增加。如何加强旅游市场监管，规范旅游市场秩序，保护消费者权益，是九寨沟全域旅游发展面临的一大挑战。
疫情防控与旅游复苏的平衡：新冠疫情对旅游业造成了严重影响，九寨沟县在疫情防控和旅游复苏之间需要找到平衡点，既要确保游客安全，又要推动旅游业逐步恢复。
旅游扶贫与乡村振兴的衔接：九寨沟县作为深度贫困县，在脱贫攻坚战中取得了显著成效。但在全域旅游发展中，如何将旅游扶贫与乡村振兴有效衔接，实现可持续发展，是九寨沟全域旅游发展需要关注的问题。
区域合作与竞争：九寨沟县周边地区旅游资源丰富，如何与其他地区进行有效合作，避免恶性竞争，实现区域旅游协同发展，是九寨沟全域旅游发展需要思考的问题。