九寨沟全域旅游在保护生态环境方面采取了以下措施：
保护优先原则：九寨沟将生态环境保护放在首位，坚持“爱护九寨沟，人人有责”的理念，鼓励游客自觉保护景区生态环境。
全面规划与管理：通过科学规划，划定保护区、旅游产业集聚区、农牧业发展区和人口聚居区，确保生态环境不受过度开发和人为干扰。
限制游客数量：每日接待游客人数有限制，避免过度拥挤，减少对生态环境的压力。
限制车辆通行：限制私家车辆通行，游客需乘坐景区内的公共交通工具或步行，减少尾气排放和道路破坏。
环境教育：将环境教育纳入旅游活动中，通过展板、导游解说等方式提高游客的环保意识。
加强监管与执法：对破坏环境的行为进行惩罚，确保游客遵守规定，不破坏生态环境。
合理开发利用：在保护生态环境的前提下，合理开发利用旅游资源，通过设置游览路线和设施，提供更好的游览体验。
居民参与保护：将景区内居民纳入环境保护体系，通过倡导、引导、疏导、指导等方法，增强居民的主人翁观念和忧患意识，实现居民自觉主动的参与。
垃圾处理：严格控制沟内餐厅等服务项目的数量，杜绝外来人口对沟内餐厅、摊位的承包、租赁，限制外来人口迁入沟内，减少日常污染。
生态重建：在灾后重建中，坚持绿色重建原则，根据资源环境承载力综合评判，合理划分生态保护区、旅游产业集聚区、农牧业发展区和人口聚居区。
国际交流与合作：与国内外生态旅游机构和学术机构保持交流与合作，吸取国际先进的生态旅游经验，不断提升自身的管理水平和保护措施。
通过这些措施，九寨沟全域旅游在保护生态环境方面取得了显著成效，实现了旅游业的可持续发展。