九寨沟作为著名的自然风景区，除了其著名的常规路线外，还有一些小众路线可以探索，这些路线同样拥有独特的自然景观：
神仙池：从九寨沟出发，经过一条蜿蜒曲折的28道拐公路，可以到达神仙池。这里被传说为仙女姊妹的行宫，地处原始密林之中，拥有美丽的湖泊和瀑布，是一个避世的小众景点。
甲勿海：位于九寨沟县勿角白马藏族乡，海拔2000米。这里以孪生双海子而闻名，被称作仙女姊妹的行宫，是白马藏族原居地，也是大熊猫的栖息地。
甘海子：位于松潘县和九寨沟县交界处的弓杠岭。每年春暖花开，青草萌发，这里的藏、彝、纳西族牧民们都会带着牲畜来到这里，享受大自然的恩赐。
扎如景区：这里有魔鬼岩和扎如寺等景点。魔鬼岩是一处独特的自然景观，岩石形状奇特，如同鬼斧神工之作。扎如寺则是一座历史悠久的藏传佛教寺院。
叠溪海子：位于九寨沟附近，以其湖光山色著称。湖面如镜，倒映着蓝天白云，美不胜收。
牟尼沟：虽然不是九寨沟景区的一部分，但作为川西北的秘境，牟尼沟同样拥有美丽的瀑布、湖泊和原始森林，是一个小众但值得探索的地方。
这些小众路线的景观各具特色，为游客提供了更多探索自然之美、体验不同文化的机会。在游览这些小众路线时，建议游客提前规划行程，注意安全，并尊重当地的风俗习惯。