九寨沟旅游区在规划中针对生态环境保护采取了以下措施：
生态保护区扩大：规划中明确提出扩大生态保护区的面积，确保81.44%的面积用于生态保护，以促进地震后生态环境的恢复和保护，有利于旅游资源的保护和利用。
地质灾害防治：将地质灾害防治作为生命工程，坚持预防为主，分类施策，合理避让，重点整治，强化调查评价、监测预警、工程防治及应急能力建设，以减少地质灾害对生态环境的破坏。
退耕还林还草：通过实施退耕还林还草工程，提高森林覆盖率，达到49.9%，为野生动物提供良好的栖息与繁衍环境。
生态旅游措施：
- 车辆限制：禁止车辆进入景区，游客必须乘坐环保大巴，减少车辆对土壤和水环境的破坏。
- 垃圾处理：景区内产生的垃圾运出沟外处理，防止垃圾对土壤和水质造成污染。
- 污水处理：启用现代化污水处理厂，处理景区内的生活污水，减少水环境污染。
环境监测：建立九寨沟环境监测站，开展水质、大气和噪声等监测，确保生态环境质量。
游客管理：
- 限制游客数量：通过限制游客数量，减少对生态环境的压力。
- 规范游客行为：设立隔离栏，保障游客乘车秩序，防止游客进入保护区内部，影响野生动物的生存环境。
可持续发展战略：坚持可持续发展的思想战略方法，促进社会、经济、环境的协调和谐发展，确保旅游业的长期健康发展。
灾后重建：在灾后重建中，将生态环境修复保护放在首要位置，探索灾后世界自然遗产地质、水文、景观、生态等修复保护新技术和方法。
通过这些措施，九寨沟旅游区在保护生态环境的同时，实现了旅游业的可持续发展。