保护曲阜万人明故城的历史遗迹，需要采取以下综合措施：
法规保障：
- 制定严格的保护法规，明确明故城保护的范围、等级、措施等，确保法律法规的权威性和严肃性。
- 对破坏历史遗迹的行为进行严格的法律制裁，以法律手段保护明故城的历史遗迹。
规划与设计：
- 制定详细的保护规划，包括整体保护规划、专项保护规划、详细规划等，确保规划的科学性和可操作性。
- 严格控制开发建设活动，禁止在保护范围内进行破坏性开发，特别是对历史遗迹周边的建筑高度和风貌进行严格控制。
环境整治：
- 整治明故城内的环境，包括街巷、河道、绿地等，恢复历史风貌，提升城市整体环境品质。
- 修复或重建受损的历史建筑，保持其原有风格和特色。
基础设施建设：
- 优化交通体系，改善明故城内的交通条件，同时减少对历史遗迹的干扰。
- 加强基础设施建设，如给排水、供电、通讯等，提高居民生活品质。
文化遗产保护：
- 加强对明故城内各类文物古迹的保护，包括不可移动文物、历史建筑、古树名木等。
- 对文物进行定期的维修和保护，确保其安全、完整。
文化传承：
- 挖掘明故城的历史文化内涵，通过举办文化活动、展览、讲座等形式，让公众了解和认识明故城的历史价值。
- 传承和弘扬儒家文化，使明故城成为传播中华优秀传统文化的重要平台。
公众参与：
- 增强公众的保护意识，鼓励居民和游客参与明故城保护工作。
- 设立保护基金，广泛吸收社会力量参与明故城的保护工作。
国际交流：
- 加强与国际间的文化交流与合作，借鉴国际先进经验，提升明故城保护水平。
通过以上措施，可以有效保护曲阜万人明故城的历史遗迹，使之在传承中华优秀传统文化的同时，实现可持续发展。