威海刘公岛纪念馆，作为国家一级博物馆，拥有丰富的文物收藏，以下是其中的一些主要文物：
北洋海军提督署文物：这里收藏了北洋海军提督署的历史照片、各类文物、仿古典家具、历史塑像等。其中，北洋海军提督署的16个厅室按照原有功能进行了原貌复原，陈列了300件仿制古典家具、18尊历史塑像和200余件各类文物，以及1500余件辅助展品。
龙王庙文物：龙王庙内供奉着东海龙王塑像，两侧有夜叉和神龟相侍立，东西两侧内山墙上绘有《三国演义》和《封神演义》故事壁画。
丁汝昌寓所文物：丁汝昌寓所现辟为丁汝昌纪念馆，收藏有与丁汝昌生平相关的文物。
北洋海军将士纪念馆文物：馆内收藏有北洋海军将士的相关文物，如军装、武器等。
水师学堂文物：水师学堂作为北洋海军的培训基地，收藏有相关的教学用品和历史文物。
东泓炮台、公所后炮台、旗顶山炮台文物：这些炮台是甲午海战中的重要防御设施，馆内收藏了与这些炮台相关的文物。
济远舰打捞文物：济远舰双主炮是馆内的镇馆之宝，此外还有其他打捞舰船文物300多件。
甲午战争相关文物：包括甲午战争的历史照片、战争资料、兵器等。
这些文物不仅展示了北洋海军和甲午战争的历史风貌，也反映了当时的军事、文化、科技等多个方面，是研究中国近代史的重要资料。