上海东方明珠塔到南京旅游的最佳时间主要取决于您想要体验的活动类型以及个人偏好。
气候因素：
- 春季（3月至5月）：气候宜人，不冷不热，适合户外活动，是游览南京和上海的好时机。
- 秋季（9月至11月）：同样气候宜人，且秋季的南京，尤其是秋高气爽的十月，是赏菊、品茶的好时机。
- 夏季（6月至8月）：虽然夏季天气炎热，但南京的夜晚凉爽，可以避开白天的高温，夜晚游览南京的古典园林和夫子庙等景点。
- 冬季（12月至2月）：南京的冬季较为寒冷，但可以体验南方的冬日暖阳，欣赏冬日里的南京古城。
旅游旺季：
- 如果您想要避开人流高峰，建议选择淡季出行，即春季和秋季的初、中旬。
- 如果您想要体验更多的节庆活动，如南京的梅花节、夫子庙的灯会等，则可以选择在节日期间出行。
个人偏好：
- 如果您喜欢看夜景，可以选择晚上抵达南京，欣赏南京的夜景。
- 如果您喜欢户外活动，建议选择天气晴朗的日子出行。
综合考虑，春季和秋季是上海东方明珠塔到南京旅游的最佳时间，气候宜人，既能游览上海的东方明珠塔，又能享受南京的历史文化。当然，具体出行时间还需根据您的个人安排和兴趣来定。