上海东方明珠塔遭遇雷劈的原因主要是由于自然现象中的雷电活动。以下是详细的分析：
雷电天气：根据资料[1]和[2]，事发之前，上海地区发生了雷电天气。雷电是一种自然现象，由大气中的电荷分离产生，当电荷积累到一定程度时，会形成闪电。
高塔易受雷击：东方明珠塔作为一座高塔，其高度使得它更容易成为雷电的目标。资料[1]中提到，越高的建筑物遭到侧击的几率越大，因此东方明珠塔位于较高的位置，更容易遭受雷击。
避雷针的作用：资料[7]指出，东方明珠塔安装了避雷针系统。避雷针是一种主动引雷的装置，能够将雷电引导到地面，从而保护建筑本身及内部设备。但是，避雷针并非万无一失，它不能完全防止雷击，只能降低雷击的概率和强度。
雷击的具体位置：根据资料[3]和[4]，雷击发生在东方明珠塔顶端发射天线。当雷电击中天线时，可能击穿了天线外罩的玻璃钢罩，点燃了保温层的非阻燃石棉，从而引起了火灾。
火灾的影响：虽然火灾造成了天线外罩的损坏，但并未造成塔内设备损坏，广播电视播出正常，登塔观光也照常开放。这表明东方明珠塔的设计和防雷措施在一定程度上是有效的。
综上所述，上海东方明珠塔遭遇雷劈的原因是雷电天气、高塔易受雷击、避雷针的有限作用以及雷击的具体位置。尽管如此，东方明珠塔的防雷措施在此次事件中仍然发挥了重要作用，保护了建筑本身及内部设备的安全。