从苏州到南京夫子庙的火车票预订方式有以下几种：
12306官方网站：这是最常见且官方的预订渠道。您可以通过登录12306官方网站或者使用12306手机应用程序，搜索苏州到南京的车次，选择合适的时间，然后进行预订和支付。
火车站售票窗口：直接前往苏州站或南京站的售票窗口，咨询工作人员并购买火车票。这种方式适合现场购票或有其他需求时使用。
自动售票机：在苏州站或南京站的自动售票机处，您可以自助购票，操作简便，但需要使用带有银联功能的银行卡或其他支付方式。
旅行社或票务代理：通过旅行社或票务代理机构购票，特别是对于需要帮助或提供额外服务的旅客，这是一种方便的选择。
在线旅游平台：如携程、去哪儿网等在线旅游平台，也提供火车票预订服务。您可以在这些平台上找到车次信息，选择合适的票种，然后在线支付。
手机银行APP：许多银行的手机银行APP也提供了火车票预订服务，您可以通过绑定银行卡，在手机APP上完成购票。
需要注意的是，在预订火车票时，应提前查看时刻表和车次信息，以确保选择的列车能直达南京夫子庙或者到达南京后方便换乘前往夫子庙。同时，由于节假日或特殊情况，火车票可能会提前售罄，因此建议提前一段时间进行预订。