从苏州到南京夫子庙的最佳交通方式如下：
高铁/动车：这是最快捷的方式。苏州有苏州站和苏州园区站，乘坐高铁到南京南站，然后乘坐地铁2号线（南京南站--苜蓿宫）至新街口站，再换乘地铁1号线（新街口--南京站）至夫子庙站下车。整个行程大约需要1.5到2小时。
长途汽车：苏州各大汽车站均有发往南京的长途汽车，南京南站附近也有多个汽车站，乘坐长途汽车到南京后，再转乘地铁或公交前往夫子庙。全程大约需要2到3小时。
自驾：自驾游可以自由安排行程，但需要注意南京的交通状况和停车问题。从苏州出发，沿G2京沪高速或S19通锡高速，经过约2小时的车程可到达南京，然后根据导航指引前往夫子庙。
火车：苏州站有直达南京站的火车，全程约2小时。到南京后，同样可以选择地铁或公交前往夫子庙。
飞机：如果从苏州出发，可以乘坐飞机到南京禄口国际机场，然后转乘机场大巴或地铁到南京市区，再转乘地铁或公交前往夫子庙。飞行时间大约40分钟，加上地面交通时间，全程可能需要3小时以上。
综合来看，高铁/动车是到达南京夫子庙最为快捷和方便的交通方式。