崂山二级保护区拥有丰富的自然景观，以下是一些典型的自然景观：
花岗岩峰丛地貌：崂山地处地质断裂带，形成了奇特的花岗岩峰丛地貌，层峦叠嶂，奇洞怪石密布。
森林资源：保护区内植被覆盖率较高，属暖温带落叶阔叶林区，动植物种类繁多，森林覆盖率达到68%以上。
南、北九水景区：九水景区以其清泉流瀑、奇峰异石、幽谷深潭而闻名，是崂山最为著名的自然景观之一。
巨峰景区：巨峰，又称崂顶，是崂山的主峰，海拔1132.7米，是山东半岛的最高峰，登顶可远观沧海，极目天海一色。
太清宫景区：位于崂山南部，以道教文化著称，有太清宫、明霞洞、上清宫等历史悠久的道教建筑。
仰口景区：位于崂山东部，有仰口、巨峰、八水河等自然景观。
华楼景区：位于崂山西部，有华楼宫、华楼洞等景点。
鹤山景区：位于崂山北部，以鹤山寺为核心景点。
二龙山生态旅游区：位于仰口风景区北侧，拥有晓望水库、塘子观水库等水资源，以及星石山、仙人柏等自然景观。
地质遗迹：崂山地质结构独特，拥有丰富的地质遗迹，如柱状节理石柱、硅化木等。
这些自然景观不仅展示了崂山的自然美，也蕴含着丰富的文化内涵，吸引了众多游客前来观光游览。