关于上海东方明珠在风暴中被雷电击中的损失赔偿情况，从所提供的参考信息中并未具体提及具体的赔偿细节。通常情况下，如果一座建筑物在自然灾害中受损，赔偿情况会涉及以下几个方面：
评估损失：首先需要对受损的设施进行详细的损失评估，包括直接经济损失（如损坏的设施、材料等）和间接经济损失（如停业损失等）。
责任认定：在确定赔偿问题时，需要明确责任方。如果是由于自然原因，如风暴或雷电等不可抗力因素造成的损失，通常由保险公司负责赔偿。
保险理赔：东方明珠作为一幢重要的建筑，通常会购买相关的保险来规避自然灾害的风险。在雷电击中事件中，如果东方明珠有相应的保险覆盖，其损失将根据保险条款进行理赔。
公共资助或政府补贴：在某些情况下，政府可能会提供一定的公共资助或补贴，尤其是在文化遗产或重要地标受损时。
根据参考信息中东方明珠塔总经理的说法，东方明珠塔在雷电击中后并未造成损伤，这可能是因为塔上有避雷针将电流引入地下，因此没有触发保险理赔。如果东方明珠塔的保险合同中包含了雷击造成的损失，那么保险公司应当根据合同条款进行相应的赔偿。至于具体的赔偿金额、理赔流程以及是否涉及到公共资助或政府补贴，则需要进一步的官方信息来确认。如果需要具体了解赔偿情况，建议直接联系东方明珠的相关部门或保险公司获取详细信息。