在处理上海东方明珠塔爆炸事故的调查过程中，可能会遇到以下困难：
技术复杂性：东方明珠塔是一座高度复杂的建筑物，其内部结构和电气系统可能非常复杂，这给事故调查带来了技术上的挑战。调查人员需要具备专业知识，以便准确判断事故原因。
证据搜集：事故现场可能已经遭受破坏，原有的物理证据可能难以找到或保存。调查人员需要迅速行动，搜集可能的残骸、碎片等证据，并确保这些证据的完整性和可靠性。
雷击因素：根据已有信息，东方明珠塔爆炸可能是由雷击引起的。雷击造成的损害往往难以直接观察，且可能对塔的结构和电气系统造成不可见的损害，这增加了调查的难度。
多部门协作：由于事故调查涉及多个部门，如消防、公安、生态环境、市场监管等，如何协调这些部门之间的工作，确保信息共享和行动一致，是一个挑战。
时间压力：事故发生后，公众和社会对调查结果的关注度很高，这可能给调查团队带来时间压力，要求他们在短时间内完成复杂的调查工作。
信息保密：在调查过程中，可能会涉及到敏感信息，如建筑物的设计缺陷、电气系统的维护状况等，如何平衡信息公开和保密需求也是一个难题。
责任认定：一旦确定了事故原因，如何界定各相关方的责任，包括设计单位、施工单位、维护单位等，将是一个复杂的过程。
法律依据：在调查过程中，需要依据相关法律法规进行，而现有的法律法规可能并不完全适用于此类复杂的建筑事故调查。
公众情绪管理：事故调查期间，公众可能会产生恐慌或不满情绪，如何有效管理公众情绪，也是调查过程中需要面对的问题。
综合以上因素，上海东方明珠塔爆炸事故的调查过程可能会面临多方面的困难。