在南京夫子庙周边选择三天两晚的酒店住宿时，可以从以下几个方面进行考虑：
地理位置：
- 夫子庙周边酒店：如南京夫子庙隐逸水街酒店、Zsmart智尚酒店（南京夫子庙喜马拉雅有声图书馆店）、古南都逸都酒店（南京夫子庙地铁站店）等，这些酒店紧邻夫子庙景区，方便游览夫子庙、秦淮河等景点。
- 交通便捷性：选择靠近地铁站的酒店，如全季酒店（南京夫子庙地铁站店）、桔子酒店（南京夫子庙地铁站店）等，便于出行。
酒店设施：
- 酒店星级：根据个人预算和需求选择合适的星级，如五星级酒店金陵状元楼酒店，提供健身房、游泳池等设施，适合追求高品质住宿的旅客。
- 房型选择：根据个人喜好和需求选择房型，如大床房、双床房等。
价格：
- 预算考虑：根据个人预算选择价格合适的酒店，如南京夫子庙隐逸水街酒店推出的三天两晚套餐，价格为1299元/套，包含住宿、早餐等。
- 性价比：考虑性价比高的酒店，如如家精选酒店（南京夫子庙白下路店）、南京花屿堂精品民宿等。
特色体验：
- 民宿体验：选择民宿，如南京花屿堂精品民宿，可以体验更加地道的南京文化和生活氛围。
- 特色酒店：如南京曙光薇酒店（夫子庙店），提供独特的住宿体验。
预订注意事项：
- 提前预订：为了确保有房，建议提前1天至1个月以上预订。
- 支付方式：部分酒店可能要求在预约时支付加收补差，请注意查看酒店政策。
其他因素：
- 早餐：部分酒店包含每日双人早餐，如南京夫子庙隐逸水街酒店。
- 宠物政策：部分酒店不允许携带宠物入住，请提前确认。
综上所述，选择南京夫子庙周边的酒店时，可以根据自己的预算、需求和喜好，综合考虑地理位置、酒店设施、价格、特色体验等因素，选择最适合自己的住宿。