三天深度游南京夫子庙，以下是一个合理的行程安排：
第一天：夫子庙及周边文化体验
上午：
- 抵达南京，前往夫子庙地区，入住酒店。
- 参观夫子庙学宫，了解儒家文化。
- 漫步秦淮河畔，欣赏古桃叶渡等景点。
中午：
- 在夫子庙附近品尝南京特色小吃，如鸭血粉丝汤、盐水鸭等。
下午：
- 游览夫子庙周边的瞻园，欣赏古色古香的中式园林。
- 参观中国科举博物馆，了解中国古代科举制度。
晚上：
- 夜游秦淮河，乘坐画舫欣赏两岸的古建筑和灯光。
- 在夫子庙周边品尝更多美食，逛逛夜市。
第二天：夫子庙周边历史文化探索
上午：
- 前往南京博物院，了解南京乃至中国的历史文化。
- 参观大报恩寺遗址公园，感受古都的历史底蕴。
中午：
- 在南京博物院附近享用午餐。
下午：
- 前往总统府，了解中国近代史上的重要历史遗迹。
- 参观梅园新村纪念馆，了解中国共产党在南京的历史。
晚上：
- 在新街口商业区逛逛，体验南京的现代都市生活。
- 在当地餐厅享用晚餐。
第三天：夫子庙周边自然风光游览
上午：
- 前往玄武湖公园，游览江南地区最大的城市公园。
- 乘坐游船游湖，欣赏湖中的岛屿和园林。
中午：
- 在玄武湖附近享用午餐。
下午：
- 前往紫金山天文台，了解天文知识，欣赏南京城的美景。
- 参观明孝陵，感受帝王陵墓的庄重与威严。
晚上：
- 在夫子庙附近享用晚餐，结束愉快的南京之旅。
这个行程安排涵盖了夫子庙及周边的文化、历史、自然和美食，希望能让您在三天内深度感受南京的魅力。