九寨沟的33名游客在旅行中遭遇了以下困难：
酒店预订问题：游客们原计划入住的酒店因满房而无法入住。首先，他们被临时安排入住一家已数月未营业的宾馆，名为北纬33度温泉度假酒店，该酒店卫生环境差，没有热水。第二天，当他们从黄龙景区游玩归来后，预订的宾馆仍然没有留足房间。
住宿条件恶劣：临时安排的宾馆卫生条件极差，有的床单上还有污渍，表明至少有几个月没有人入住过。此外，游客们被安排入住的农家民宿环境比头天晚上的还要差，床上甚至还有老鼠屎。
行程受影响：由于住宿问题，游客们的行程受到了严重影响。他们被迫提前结束行程，最终连九寨沟景区的大门都没看到。
游客不满：游客们对于这种糟糕的住宿条件和被迫提前结束行程感到非常不满，认为这违背了他们原本的旅游计划。
旅行社处理：旅行社方面对于此次事件表示歉意，并称他们已在9月20多号就预订了房间，导游在出发前也进行了确认，这是当地的宾馆违约，不完全是他们的责任。但游客们对旅行社的处理结果并不满意。
后续处理：事件发生后，九寨沟县文体旅局介入调查，涉事客栈被停业整顿，涉事旅行社已启动游客退赔工作，游客们最终得到了一定的赔偿。
综上所述，这33名游客在九寨沟的旅行中遭遇了住宿问题、行程受影响、游客不满等一系列困难。