关于九寨沟旅游大巴玻璃被砸事件，首先需要明确的是，任何交通事故的发生都是多因素共同作用的结果。以下是对司机操作可能存在的问题的分析：
紧急制动操作：在遇到突发情况时，司机的紧急制动操作是否恰当是关键。如果司机在紧急情况下未能及时且正确地使用制动系统，可能会导致车辆失控或乘客受到伤害。根据报道，司机在发现前方落石后紧急刹车，这表明司机已经采取了紧急制动措施。
车辆避让：在紧急情况下，司机需要迅速判断并采取避让措施。如果司机在避让飞石时未能正确判断方向或操作不当，可能会导致车辆失控或碰撞。报道中提到，司机在紧急避让飞石时，车辆已经横在路面上，这表明司机可能已经尽力避让。
车辆维护与检查：车辆在行驶前应进行必要的维护和检查，以确保车辆在行驶过程中的安全。如果车辆在行驶前存在安全隐患，如玻璃老化、松动等，那么在遇到飞石时玻璃被砸的可能性会增加。
路况与天气因素：在九寨沟这样的山区，路况复杂，天气多变。司机在行驶过程中需要时刻关注路况和天气变化，以便及时采取相应的措施。如果司机未能预见到突发情况，如山石垮塌、强降雨等，那么在应对这些情况时可能会存在操作上的不足。
综上所述，司机在九寨沟旅游大巴玻璃被砸事件中可能存在以下问题：
- 紧急制动操作：司机在紧急情况下未能及时且正确地使用制动系统。
- 车辆避让：司机在避让飞石时未能正确判断方向或操作不当。
- 车辆维护与检查：车辆在行驶前存在安全隐患，如玻璃老化、松动等。
- 路况与天气因素：司机未能预见到突发情况，如山石垮塌、强降雨等。
需要注意的是，以上分析仅基于报道内容，具体事件的原因需要进一步调查和评估。在处理此类事故时，相关部门会综合考虑各种因素，确保公平、公正地处理。