根据提供的参考信息，华严寺改造工程在实施过程中确实考虑了周边居民的意见。

例如，在国家文物局办公室关于华严寺建设控制地带内大同古城西南隅民居修复项目的意见函中，提到了加强历史研究、深化设计方案、科学客观分析拟建项目对华严寺安全及景观的影响等内容。这些措施表明在改造工程的设计阶段，已经对周边环境、包括居民的生活和意见进行了考虑。

另外，从耿彦波在警示碑中的撰文来看，他在回顾华严寺周边环境综合治理工程时，提到了未经国家文物局审批擅自开工、缺乏历史考古依据、建筑体量过大等问题，并指出这些问题对文物安全和周边居民的生活可能造成影响。这也间接反映了在改造工程中，可能存在对居民意见考虑不足的情况。

至于具体的居民意见如何被采纳和反映，以及居民在改造过程中的参与情况，这些信息在提供的资料中并未详细说明。但从上述信息可以推断，华严寺改造工程在某种程度上是考虑了周边居民的意见的。然而，为了全面了解这一情况，还需查阅更多相关资料或官方文件。