根据提供的参考信息，并未直接提及上海东方明珠在龙卷风袭击后的重建过程及其遇到的困难。然而，我们可以根据一般高层建筑在遭受自然灾害后的重建过程中可能遇到的问题来推测：
结构安全评估：首先，重建工作必须从对东方明珠的结构进行全面的评估开始。由于龙卷风可能对建筑物的结构造成了严重破坏，重建团队需要确保评估的准确性和全面性。
雷击防护：东方明珠电视塔在之前已经遭遇过雷击，重建过程中需要特别关注防雷设施。重建的避雷针系统需要根据最新的防雷设计规范来设计，确保建筑物的安全。
建筑材料选择：在重建过程中，需要选择能够抵御极端天气的材料，如高强度的结构材料和能够承受强风和雷击的金属构件。
施工安全：重建期间，施工现场需要采取严格的安全措施，以防止在施工过程中发生意外事故。
资金和资源：重建工作可能需要大量的资金投入，同时还需要协调各种资源，如建筑材料、劳动力、技术支持等。
时间安排：重建工作可能因为各种原因（如天气、材料供应、技术问题等）而延误，因此需要合理规划时间表，确保项目按时完成。
环境影响：重建过程中可能对周边环境产生影响，如噪音、粉尘等，需要采取措施减少对环境的影响。
法规遵从：重建工作必须遵守国家和地方的相关法规和标准，确保重建后的建筑符合安全要求。
尽管以上都是基于一般情况的分析，具体到上海东方明珠电视塔在龙卷风袭击后的重建过程中遇到的困难，还需要结合实际情况和官方发布的具体信息来确定。