上海东方明珠塔作为上海的标志性建筑之一，自1994年建成以来，其安全性一直是公众关注的焦点。根据您提供的参考信息，以下是关于上海东方明珠塔下沉原因的调查进展：
地质原因：上海地处长江三角洲，地下是由长江冲积的沙子、淤泥形成的软土层结构，具有含水量大、孔隙较大及压缩性大等特征。过度开采地下水是造成地面下沉的重要原因之一。据上海市地质调查研究院的研究，上海地面沉降的原因有30%来自高层建筑和重大工程项目本身的影响，其余70%则要归因于城市地下水的过分开采。
建筑因素：高层建筑的建设本身也会对地基产生一定的影响，增加地面沉降的风险。东方明珠塔作为高层建筑，其建设过程中对地基的扰动可能是一个因素。
官方措施：为了控制地面沉降，上海自1965年起采取了压缩地下水开采量、调整地下水开采层次及开展地下水人工回灌等措施，这些措施在一定程度上减缓了地面沉降的速度。
近期情况：从您提供的参考信息中，并未具体提及东方明珠塔下沉的最新调查进展。然而，从历史数据来看，上海市对于地面沉降问题一直保持着密切的监测，并在必要时采取措施加以控制。
防雷措施：在您提供的参考信息中，还有提到东方明珠塔曾经遭遇雷击，但通过避雷针系统的作用，雷击并未造成严重损害。这也说明东方明珠塔在安全防护方面有一定的措施。
综上所述，上海东方明珠塔下沉的原因是一个复杂的系统工程，涉及到地质、建筑、管理等多个方面。针对这一问题，上海市政府和相关部门一直在采取积极措施进行监控和治理。对于具体的下沉原因调查进展，建议您关注上海市相关部门的官方公告和报道。