三山岛政府在保护生态环境方面采取了以下措施：
加强生态保护建设规划：苏州市吴中区三山岛生态保护建设工程的可行性报告显示了政府对生态保护的重视，通过规划确保生态系统的可持续性和健康发展。
历史文化遗产保护：三山岛历史悠久，拥有丰富的文化遗产。政府通过保护和修复寺庙、祠堂等历史建筑，以及石刻、佛像等文物，维护了地区的文化生态。
生物多样性保护：如三山经开区所做的那样，通过建立生物多样性保护体系，强化禁渔力度，推进生态系统治理和修复，维护了区域内的生态平衡。
水资源保护与管理：通过加强区域水系治理监管，确保水质安全，如与澳大利亚SPEL环境公司合作，引入先进的污水处理技术和系统，优化太湖水质。
联合执法保护长江：三山生态环境分局与相关部门联合执法，清理整治“三无”船只，加强对长江生态环境的保护。
生态修复与综合治理：如宁夏“三山”生态保护修复项目所示，政府通过山水林田湖草沙一体化保护和系统治理，推进生态修复工程，提升生态系统的多样性和稳定性。
公众宣传教育：通过举办专家交流学习活动、公众参与等方式，提高公众的生物多样性保护意识和环保意识。
生态产业融合发展：推动生态保护与生态产业相结合，如宁夏推动三山生态高颜值向经济高价值转化，促进可持续发展。
海洋环境影响评价：在莱州三山岛一级渔港升级改造和整治维护项目中，进行海洋环境影响评价，确保工程对海洋环境的影响降到最低。
资金和政策支持：政府为生态保护项目提供资金和政策支持，确保项目顺利实施。
通过这些综合措施，三山岛政府有效地保护了生态环境，实现了人与自然的和谐共生。