九寨沟旅游升级方案中，生态保护措施主要包括以下几个方面：
土壤环境保护：
- 减少旅游设施建设：限制在景区内建设新的旅游设施，避免对土壤原有结构的破坏。
- 生态恢复工程：实施退耕还林还草工程，恢复植被，提高森林覆盖率，增强土壤的稳定性和生物多样性。
- 游客管理：通过教育和引导，减少游客对土壤的践踏和破坏，如设立野餐区，限制游客进入敏感区域。
水环境污染控制：
- 污水处理：建设现代化的污水处理厂，确保景区内生活污水得到有效处理，防止水污染。
- 垃圾处理：建立完善的垃圾收集和处理系统，将垃圾运出景区进行专业处理，避免垃圾对水体和土壤的污染。
- 水资源保护：加强水质监测，确保景区内水体保持良好的水质标准。
生态保护区设立：
- 划分功能区域：将景区划分为生态保护区、封闭保育区和开放游览区，确保生态保护区域不受游客干扰。
- 限制游客进入：在生态保护区和封闭保育区禁止游客进入，减少人类活动对生态环境的影响。
生态旅游管理：
- 引入国际标准化管理：按照国际标准进行景区管理，确保景区生态旅游的可持续发展。
- 绿色旅游理念：推广绿色旅游理念，鼓励游客参与生态保护，减少对环境的负面影响。
科研合作：
- 国际合作：与国外国家公园和科研机构合作，共同开展生态保护和科研工作。
- 本土科研：与国内科研机构合作，进行生态监测和修复技术研究。
灾害防治：
- 地质灾害防治：加强地质灾害的监测和预警，及时进行治理，防止地质灾害对生态环境的破坏。
公众参与：
- 宣传教育：通过教育和宣传活动，提高公众的生态保护意识。
- 居民参与：鼓励当地居民参与景区保护，实现生态保护与社区发展的双赢。
通过这些综合措施，九寨沟景区旨在实现生态保护和旅游发展的双赢，确保景区的可持续发展。