根据提供的参考信息，可以推测上海东方明珠二年级学生在参观昆虫馆和野生昆虫馆的活动中，对生物知识掌握的情况如下：
昆虫知识认知提升：在永清路小学二年级的参观活动中，学生通过中国科学院上海昆虫博物馆的参观，有机会接触到丰富的昆虫标本，并通过图片讲解了解了昆虫的种类、形态特点以及与人类的关系。这样的参观学习能够有效提升学生对昆虫生物学知识的掌握。
自然科普教育效果：在位于东方明珠旁的上海大自然野生昆虫馆，学生们有机会近距离观察活体昆虫和两栖爬行动物，仿佛置身于热带雨林，这种直观的体验有助于他们更好地理解生物的多样性和生态环境。
互动式学习体验：学生们在两栖爬虫溶洞区观察了各种蜥蜴、变色龙、树蛙和雨蛙等生物，这种互动式学习让他们对生物学产生了浓厚的兴趣，并在各个展示箱前流连忘返，体现了良好的学习效果。
综合实践能力的培养：参观结束后，二年级学生还完成了《我的昆虫备忘录》，通过绘画来记录自己观察到的和学到的内容，这不仅加深了对知识的记忆，也锻炼了他们的综合实践能力。
综上所述，上海东方明珠二年级学生在这次生物知识学习活动中，通过参观昆虫馆和野生昆虫馆，不仅掌握了丰富的昆虫和两栖爬行动物知识，还培养了观察能力、学习兴趣和实践能力，可以说他们的生物知识掌握情况是相当不错的。