上海东方明珠地铁站办理纪念票的具体流程如下：
了解纪念票信息：首先，您需要了解纪念票的相关信息，比如纪念票的设计、发行时间、价格、购买地点等。根据您提供的参考信息，这套纪念票是在2018年俄罗斯世界杯期间发行的，以世界杯主题色白、蓝、红为主色调，结合了东方明珠塔等上海地标建筑以及俄罗斯标志性建筑克林姆林宫。
前往指定地点：根据您提供的参考信息，这套地铁纪念票在虹桥火车站地铁站内和东方明珠塔下的上海地铁官方纪念品商店限量发售。因此，您可以选择前往这两个地点之一。
购买纪念票：到达指定地点后，您可以直接在售票窗口或纪念品商店购买纪念票。在购买时，请出示有效身份证件。
支付费用：根据纪念票的定价进行支付。您需要支付的金额应与纪念票的标价相符。
领取纪念票：支付完成后，您将获得相应的纪念票。请注意，该纪念票为地铁单程票，不限金额，纪念票可回收但仅限单次使用，不可充值。
乘车使用：您可以使用这张纪念票在地铁内进行一次单程乘车。乘车有效期为发行之日起一年。
请注意，以上信息是基于您提供的参考信息，具体情况可能会有所变化，建议在前往办理前，通过官方渠道或相关平台确认最新的纪念票办理流程和细节。