根据提供的参考信息，上海东方明珠塔确实为游客提供了行李寄存服务。在东方明珠塔2米入口检票处旁的服务台完成安检后，游客可以寄存行李。关于行李存放处的卫生情况，以下是一些相关信息：
寄存处位置：东方明珠塔的行李寄存处位于检票大厅内，这意味着它位于游客进入塔内游玩的必经之路附近。
免费寄存：东方明珠塔提供免费行李寄存服务，这通常意味着寄存处是经过管理的，且为了吸引游客使用，其卫生状况应该是得到保障的。
空间限制：尽管有免费寄存服务，但寄存处的空间有限，特别是寄存架的分格尺寸有限，这可能导致行李堆放时可能出现一定的拥挤，从而可能影响卫生条件。
物品管理：虽然普通物品可以免费寄存，但贵重物品需要游客自行携带。这表明东方明珠塔对寄存物品有一定的管理措施，但贵重物品的存放则需游客自行负责。
其他服务设施：东方明珠塔还提供母婴室和第三（家庭）卫生间，这表明景区对游客的便利性和卫生条件有一定的考虑。
综上所述，虽然东方明珠塔的行李存放处可能存在空间限制，但考虑到它是景区提供的服务之一，且为游客提供了便利，其卫生状况应该是得到一定保障的。然而，具体的卫生条件可能因时间、使用频率和日常维护情况而有所不同。如果游客对此有顾虑，可以在使用前亲自查看或询问工作人员以确保满足个人卫生标准。