根据您提供的参考信息，上海东方明珠大宁公寓的楼层价格差异可能存在，但具体差异需要结合实际的市场情况来分析。

从提供的信息中，我们可以看到同一小区内不同楼层的房源价格是不同的。例如，有95平米2室2厅的房源，位于低楼层（正东朝向）的单价为97200元/平米，而另一套109平米的房源位于高楼层（正南朝向）的单价为103900元/平米。这表明楼层对于价格有一定的影响。

以下是一些可能影响楼层价格差异的因素：

  1. 采光与通风：高楼层通常能够获得更好的采光和通风，这可能会增加其吸引力，从而提高价格。

  2. 视野：高楼层往往能够提供更开阔的视野，这也是一些买家愿意支付更高价格的原因。

  3. 噪音与灰尘：低楼层可能会受到更多噪音和灰尘的影响，这可能会降低其吸引力，从而影响价格。

  4. 电梯：有的房源可能位于没有电梯的楼栋中，对于一些买家来说，这可能是一个缺点，因此价格可能会更低。

  5. 物业维护：高楼层可能需要更多的物业维护，这可能会增加物业费用，从而影响价格。

  6. 市场需求：不同楼层的需求量也会影响价格，如果高楼层的需求更高，那么价格可能会更高。

综上所述，上海东方明珠大宁公寓的二居室楼层价格差异是存在的，但具体差异大小需要根据实际情况和市场供需关系来判断。如果您对购买该小区的房源感兴趣，建议咨询专业的房地产经纪人，获取最新的市场价格和具体房源信息。