根据提供的信息，上海东方明珠塔作为高大的建筑物，确实配备了避雷针系统来保护其免受雷击的影响。当东方明珠塔遭遇雷击时，避雷针系统会发挥作用，将雷电流安全地导入地下，从而确保塔体的安全。
至于景区是否提供避难场所，从提供的参考信息中并没有明确提及。但是，考虑到东方明珠塔作为著名的旅游景点，它通常会遵循安全管理的标准，为游客提供必要的安全保障。以下是一些可能的安全措施：
紧急疏散指示：在紧急情况下，如雷击等自然灾害，景区内会有明确的紧急疏散指示，帮助游客迅速、有序地撤离到安全区域。
安全检查：在雷暴天气期间，景区可能会实施安全检查，关闭部分区域或整个景区，以确保游客安全。
避难设施：大型公共场所通常会有避难场所，如地下避难室或安全地带，供游客在紧急情况下避难。
应急响应：景区会有应急响应团队，负责在紧急情况下迅速采取行动，确保游客安全。
综上所述，虽然具体信息未提及，但可以合理推测，上海东方明珠塔作为旅游热点，应该具备应对紧急情况的能力，包括提供避难场所。在雷击等紧急情况下，游客应当遵循景区工作人员的指引，到指定的安全区域避难。