上海东方明珠外地车牌限行措施是否公平合理，可以从以下几个方面进行分析：
缓解交通拥堵：上海作为一个国际大都市，车流量大，交通拥堵问题严重。外地车牌限行措施旨在减少车流量，缓解交通压力，这是为了整个城市的交通效率和市民出行的便利性考虑，具有一定的合理性。
区域平衡：限行措施主要针对内环内的地面道路和高架快速路段，这些区域是交通拥堵的重灾区。限行外地车牌可以减少这些区域的车辆密度，从而在一定程度上实现区域间的交通平衡。
公平性：限行规定对所有外地车牌车辆都适用，并没有对特定类型或特定身份的车辆进行特殊对待，体现了相对的公平性。同时，限行规定也考虑到了周末和节假日的特殊情况，给予外地车牌车辆更多的出行自由。
豁免车辆：对于执行紧急任务的特种车辆、公共汽车、巡游出租车、长途客运车、残疾人专用车、校车等，以及环卫、园林、道路养护等专项作业车辆，都给予了豁免，这体现了对特定行业和人群的关怀。
处罚措施：对于违反限行规定的车辆，会进行罚款等处罚，这有助于提高限行措施的执行力度，同时也对其他遵守规定的车辆起到了警示作用。
然而，也存在一些争议和不足之处：
对经济活动的影响：外地车牌限行可能会对部分依赖外地车辆的经济活动产生一定影响，如物流、旅游等行业。
信息透明度：对于限行规定，部分外地车牌车主可能并不完全了解，这可能导致不必要的违规行为。
区域限制：虽然限行措施旨在缓解交通压力，但对外地车牌的限制可能会在一定程度上影响市民的出行自由。
综上所述，上海东方明珠外地车牌限行措施在一定程度上是公平合理的，但同时也存在一些争议和不足之处。在实施过程中，需要不断优化和调整，以更好地平衡交通效率、市民出行和经济活动之间的关系。