关于上海东方明珠二居室购房贷款的违约金计算，这通常取决于购房合同的具体条款以及贷款合同的约定。以下是一些通常的违约金计算方式：
合同约定的违约金：在您与开发商签订的购房合同中，通常会明确规定如果购房人未按时支付贷款，或因其他原因违约，需要支付的违约金比例或金额。如果合同中未明确说明，则可能需要参照贷款合同或银行的相关规定。
贷款合同违约金：与银行签订的贷款合同中也会有关于违约金的具体规定。例如，提前还款的违约金通常在1%到5%之间，但具体金额需要以实际贷款合同为准。
按同期银行贷款利率计算：如果没有具体合同约定，违约金的计算可能会参考同期银行贷款的利率。按照这种计算方式，违约金通常是根据未支付的房款总额，乘以同期银行贷款利率和超期时间来计算的。
以下是一个大致的例子，但请注意，这只是一个参考，具体的违约金计算应以下列情况为准：
- 假设贷款金额为100万元。
- 如果贷款合同约定一年内提前还款的违约金为2%，那么违约金就是2万元。
- 如果购房合同规定违约金按同期银行贷款利率计算，假设同期银行贷款年利率为4%，假设违约期限为6个月，则违约金计算方式可能是：100万元 * 4% * 0.5年 = 2万元。
由于具体情况可能因人而异，建议您查看您签订的购房合同和贷款合同中的具体条款，或者咨询专业律师或银行客户服务人员，以获得准确的违约金计算方式。